Fundusz Spójności, zwany również Funduszem Kohezji nie jest funduszem strukturalnym. Został utworzony na mocy art. 161 Traktatu z Maastricht ustanawiającego Unię Europejską. Różni się od funduszy strukturalnych przede wszystkim zasięgiem pomocy, wspierając projekty o zasięgu ponadregionalnym, a także sposobem podejmowania decyzji o przyznaniu środków na dofinansowanie. Ostateczną decyzję w tej kwestii podejmuje Komisja Europejska. Sama alokacja środków jest dokonywana w oparciu o różne aspekty, m.in. powierzchni kraju, liczbę mieszkańców czy produkt narodowy brutto. Fundusz obejmuje swoim zasięgiem kraje słabiej rozwinięte, w których produkt narodowy brutto (PNB) na mieszkańca nie przekracza 90% średniej w państwach Unii Europejskiej.

Głównym jego celem jest niwelowanie dysproporcji pomiędzy krajami. Dwie podstawowe gałęzie, jakimi Fundusz się zajmuje to transport i ochrona środowiska. Do tej pory ze środków finansowych w ramach Funduszu skorzystały takie kraje jak: Grecja, Irlandia, Portugalia i Hiszpania. A od maja 2004 roku z pomocy korzysta dziesięć nowych państw członkowskich, w tym Polska. W ramach jednego projektu nie można złożyć jednocześnie wniosku o dofinansowanie z FS oraz funduszy strukturalnych. Każde państwo-beneficjent Funduszu musi posiadać również własne środki finansowe, projekty nie są finansowane w całości. Udział środków unijnych w tym przypadku to maksymalnie 85% kosztów kwalifikowanych inwestycji. W praktyce jednak średnia wysokość dofinansowania to 65% kosztów kwalifikowanych. Komisja Europejska przestrzega zasady, aby w każdym kraju członkowskim, który kwalifikuje się do realizacji danego projektu, podział środków pomiędzy sektory był równy.